Kościół Świętego Mikołaja znajduje się w okolicach miasta Megalochori i jest malowniczo położony na krawędzi kaldery, przy malowniczym szlaku zwanym „Heart of Santorini”, prowadzącym z Megalochori do źródeł termalnych Plaka.
Ze względu na swoją lokalizację jest popularnym miejscem postojowym dla spacerowiczów. Z okolic kościoła rozpościera się zapierający dech w piersiach widok na całą Kalderę. Można stąd także oglądać słynne zachody słońca.
Sam kościół to niewielka jednonawowa biała świątynia z frontową ścianą w kolorze brzoskwiniowym. Otoczona jest murowanym dziedzińcem, na którym znajduje się także mała dzwonnica.